Pengurus Fakultas Ekonomika dan Bisnis Universitas Gadjah Mada yang pertama adalah Prof. Kertanegara, S.H. dan Prof. Drs. Soenardjo yang masing-masing ditunjuk oleh Pimpinan Universitas Gadjah Mada sebagai Ketua Fakultas dan Sekretaris Fakultas. Pengurus fakultas ini terus berganti, dan secara lengkap, susunan pengurus Fakultas Ekonomika dan Bisnis pada periode-periode berikutnya adalah sebagai berikut:
1. Tahun 1955-1957
- Dekan: Prof. Kertanegara, S.H.
- Sekretaris: Prof. Drs. Soenardjo
2. Tahun 1957-1958
- Dekan: Prof. Kertanegara, S.H.
- Sekretaris: Prof. I. Gondowardoyo, S.H.
- Wakil Sekretaris: Drs. P.I. Oey Liang Lee
3. Tahun 1958-1959
- Dekan: Prof. Kertanegara, S.H.
- Sekretaris: Prof. I. Gondowardoyo, S.H.
- Wakil Sekretaris: Roekmono Markam, S.H.
4. Tahun 1959-1960
- Dekan: Prof. Kertanegara, S.H.
- Sekretaris: Prof. I. Gondowardoyo, S.H.
- Wakil Sekretaris: Drs. R.T. Hindarsah Wiraatmadja
5. Tahun 1960-1961
- Dekan: Prof. Kertanegara, S.H.
- Sekretaris: Prof. I. Gondowardoyo, S.H.
- Wakil Sekretaris: Drs. Guntur Sudarsono
6. Tahun 1961-1962
- Dekan: Prof. Kertanegara, S.H.
- Sekretaris: Wiyanto, S.H.
- Wakil Sekretaris: Drs. Irawan
7. Tahun 1962-1963
- Dekan: Soepojo Padmodiputro, M.A.
- Pembantu Dekan I: Drs. Soehardi Sigit
- Pembantu Dekan II: Drs. Bambang Riyanto
- Pembantu Dekan III: Soetatwo Hadiwigeno, M.A.
8. Tahun 1964-1966
- Dekan: Drs. Bambang Riyanto
- Pembantu Dekan I: Drs. Kaswardjono
- Pembantu Dekan II: Drs. Gunawan Adisaputro, MBA.
- Pembantu Dekan III: Soetatwo Hadiwigeno, M.A.
9. Tahun 1966-1969
- Dekan: Drs. Sukadji Ranuwihardjo, M.A.
- Pembantu Dekan I: Drs. Irawan, MBA.
- Pembantu Dekan II: Soedarsono, M.Sc.
- Pembantu Dekan III: Harsono, M.Sc.
10. Tahun 1969-1971
- Dekan: Drs. Sukadji Ranuwihardjo, M.A.
- Sekretaris: Drs. Bambang Riyanto
11. Tahun 1971-1973
- Dekan: Drs. Sukadji Ranuwihardjo, M.A.
- Sekretaris: Drs. Bambang Riyanto
12. Tahun 1973-1975
- Dekan: Drs. Sukadji Ranuwihardjo, M.A.
- Sekretaris: Sukanto Reksohadiprodjo, M.Com.
13. Tahun 1975-1977
- Dekan: Dr. Soetatwo Hadiwigeno, M.A.
- Sekretaris: Drs. Kaswardjono
14. Tahun 1977-1979
- Dekan: Dr. Soetatwo Hadiwigeno, M.A.
- Sekretaris : Drs. Kaswardjono
15. Tahun 1979-1981
- Dekan: Dr. Soetatwo Hadiwigeno, M.A.
- Pembantu Dekan I: Dr. Soelistyo, MBA.
- Pembantu Dekan II: Drs. Heidjrachman Ranupandojo
- Pembantu Dekan III: Drs. Gunawan Adisaputro, MBA.
16. Tahun 1982-1985
- Dekan: Dr. Sukanto Reksohadiprodjo, M.Com.
- Pembantu Dekan I: Dr. Soelistyo, MBA.
- Pembantu Dekan II: Drs. Arief Suadi, MBA.
- Pembantu Dekan III: Drs. Gunawan Adisaputro, MBA.
17. Tahun 1985-1988
- Dekan: Dr. Sukanto Reksohadiprodjo, M.Com.
- Pembantu Dekan I: Dr. Budiono Sri Handoko, M.A.
- Pembantu Dekan II: Drs. Radiosunu, Drs. Slamet Munawir, Akt.
- Pembantu Dekan III: Drs. Gunawan Adisaputro, MBA.
18. Tahun 1988-1991
- Dekan: Dr. Dibyo Prabowo, M.A.
- Pembantu Dekan I: Dr. Nopirin, M.A.
- Pembantu Dekan II: Drs. R.A. Supriyono, S.U., Akt.
- Pembantu Dekan III: Drs. Iswardono Sardjono Permono, M.A.
19. Tahun 1991-1994
- Dekan: Prof. Dr. Soedijono Reksoprajitno, MBA.
- Pembantu Dekan I: Dr. Suad Husnan, MBA.
- Pembantu Dekan II: Drs. Ari Sudarman, M.Ec.
- Pembantu Dekan III: Drs. Bambang Kustituanto, M.A.
20. Tahun 1994-1997
- Dekan: Dr. Nopirin, M.A.
- Pembantu Dekan I: Dr. Insukindro, M.A.
- Pembantu Dekan II: Drs. Harnanto, M.Soc.Sc.
- Pembantu Dekan III: Drs. Mohamad Adnan Hadjam, M.A.
21. Tahun 1998-2001
- Dekan: Prof. Dr. Nopirin, M.A.
- Pembantu Dekan I: Dr. A.R. Karseno, M.A.
- Pembantu Dekan II: Drs. Harnanto, M.Soc.Sc.
- Pembantu Dekan III: Drs. Mohamad Adnan Hadjam, M.A.
22. Tahun 2001-2004
- Dekan: Prof. Dr. Zaki Baridwan, M.Sc.
- Wakil Dekan Bidang Akademik: Prof. Dr. Basu Swastha Dharmestha, MBA.
- Wakil Dekan Bidang Administrasi Umum: Drs. Dumairy, M.A.
- Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan: Drs. Mohamad Adnan Hadjam, M.A.
23. Tahun 2004-2007
- Dekan: Dr. Ainun Na'im, MBA.
- Wakil Dekan Bidang Akademik: Dr. M. Masykur Wiratmo, MSc.
- Wakil Dekan Bidang Administrasi Umum: Dr. Didi Achjari, M.Com.
- Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan, Alumni dan Kerjasama: Dra. Sari Winahjoe. S, MBA.
24. Tahun 2007-2008
- Dekan: Dr. Lincolin Arsyad,.M.Sc.
- Wakil Dekan Bidang Akademik: Dr. Supriyadi, M.Sc.
- Wakil Dekan Bidang Administrasi Umum: Dr. Didi Achjari, M.Com.
- Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan, Alumni dan Kerjasama: Dra. Sari Winahjoe. S, MBA.
25. Tahun 2008-2012
- Dekan: Prof. Marwan Asri, MBA., Ph.D.
- Wakil Dekan Bidang Akademik, Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat: B.M. Purwanto, MBA., Ph.D.
- Wakil Dekan Bidang Administrasi, Keuangan dan Pengembangan Sumber Daya Manusia: Eko Suwardi, M.Sc., Ph.D
- Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan, Alumni, Kerjasama dan Pengembangan Usaha: Wihana Kirana Jaya, M.Soc.Sc., Ph.D
26. Tahun 2012-2016
- Dekan: Prof. Dr. Wihana Kirana Jaya, M.Soc.Sc.
- Wakil Dekan Bidang Akademik dan Kemahasiswaan : Dr. B.M. Purwanto, M.B.A.
- Wakil Dekan Bidang Keuangan, Aset dan Sumber Daya Manusia : Prof. Dr. Slamet Sugiri, M.B.A.
- Wakil Dekan Bidang Penelitian, Pengabdian kepada Masyarakat, Kerja Sama dan Alumni : Dr. Muhammad Edhie Purnawan, M.A.
- Wakil Dekan Bidang Perencanaan dan Sistem Informasi: Dr. Eko Suwardi, M.Sc.
27. Tahun 2016-2021
- Dekan: Dr. Eko Suwardi, M.Sc.
- Wakil Dekan Bidang Akademik dan Kemahasiswaan: Prof. Mahfud Sholihin, M.Acc., Ph.D.
- Wakil Dekan Bidang Keuangan, Aset dan Sumber Daya Manusia: Kusdhianto Setiawan, Sivilekonom., Ph.D.
- Wakil Dekan Bidang Penelitian, Pengabdian kepada Masyarakat, Kerja Sama dan Alumni: Amirullah Setya Hardi, Cand.Oecon., Ph.D.
28. Tahun 2021-2026
- Dekan: Prof. Dr. Didi Achjari, M.Com., Ak., CA.
- Wakil Dekan Bidang akademik dan Kemahasiswaan: Bayu Sutikno, S.E., M.S.M., Ph.D.
- Wakil Dekan Bidang Keuangan, Aset, dan Sumber Daya Manusia: Suyanto, S.E., M.B.A., Ph.D.
- Wakil Dekan Bidanh Penelitian, Pengabdian kepada Masyarakat, Kerja Sama, dan Alumni: Gumilang Aryo Sahadewo, S.E., M.A., Ph.D.